Helaas is dat niet zo duidelijk. Het feit dat het veel meer bij vrouwen voorkomt en dat de menstruatie een rol speelt, doet vermoeden dat hormonale invloeden een rol spelen.

In onderzoek is echter geen duidelijk verband aangetoond tussen bepaalde hormonen en atypische depressie. Ook hormoontherapie is niet werkzaam. Het kan zijn dat dit komt doordat hormonen niet goed of op het verkeerde tijdstip in de cyclus zijn gebruikt. Meer onderzoek zal dit moeten uitwijzen.

Atypische depressie kan ook voorkomen in het beloop van een manisch-depressieve stoornis. De vaak langdurige periodes van atypische depressie worden dan afgewisseld met (korte) periodes van (hypo-)manie.